Em homenagem a cidade de Jaguariúna o clube leva o seu nome.

A palavra "Jaguariúna" é um vocábulo tupi que significa "rio das onças pretas", através da junção dos termos îagûara (onça), 'y (água, rio) e un (preto).

Como o futebol sempre foi popular em Jaguariúna, em agosto de 2005, foi fundada a Associação Jaguariunense de atletas – AJA, por integrantes do grêmio da empresa Motorola, liderada por Carlos Alberto Pagoti e a ex-atleta de futebol feminino Rosana Izufino da Silva, juntamente de outros esportistas de outras cidades, que vinculada a Federação Paulista de Futebol, disputava apenas o Futebol Feminino, chegando a ser consagrada vice campeã Paulista no ano de 2007. Passando por dificuldades financeiras, em 22 de dezembro de 2008, a entidade foi reorganizada com novos associados, permanecendo apenas um grupo de esportistas da cidade de Jaguariúna, formado por: William de Souza Silva-ZIDANE, Rodrigo Roda, Fernando Rebellato, Mauro de Jesus, Claudinei Dall’Oca, Eurípedes Rufino da Silva - SUDACO(in memóriam), Arlindo Arantes Junior- ARLINDINHO, Zilda Aparecida de Lima, Eder Luis Gonçalves Teodoro-EDER NEGÃO, Milaine Cristina Zalotine, Ricardo Fernando de Moraes- RATO, Célio Gomes, William Guilherme Gomes-GUIGA, Bruno Rodrigues Gomes, Celso Silvério França-CELSO FRANÇA(in memóriam), José Luiz Carpi- ZEBRA, Luiz Carlos de Almeida-LUIZÃO GELADEIRA, Rodinei Ferreira de Souza, Leandro Cesar de Godói- LEANDRO DA JAGUAR, Mauro Marques, André dos Santos Matos-CABEÇA, João Mauro de Jesus, António Ferreira Martins- TONHO COVEIRO, Tercília Mota, Aparecido Bracci - CIDÃO DO QUIOSQUE, Durvalino Dal bó jr - NINO.

Em 01 de Abril de 2009, William Zidane, foi eleito Presidente da Diretoria Executiva, Mauro de Jesus Presidente do Conselho Deliberativo, Rodrigo Roda tesoureiro e o Zebra presidente do conselho fiscal.

Tendo em vista que o interesse dos esportistas da cidade era de ter um clube de futebol profissional, em 04 de Maio de 2009, a entidade foi reestruturada, sendo alterado todo seu estatuto, visando atualizar a entidade quanto as normas desportivas vigentes e nas federações organizadoras, conselhos Federais, Estaduais e Municipais, para que o clube possa participar de competições e campeonatos que visa a formação de jogadores junto a FIFA- Federation Internationale de Football Association, CBF – Confederação Brasileira de Futebol e FPF – Federação Paulista de Futebol, bem como a alteração do nome da entidade para Associação Desportiva Jaguariúna – A.D. Jaguariúna, nome fantasia Jaguariúna Futebol Clube.

Tomando proporções na cidade e cada vez mais adeptos sobre a idéia de Jaguariúna possuir um clube de Futebol Profissional da Cidade, jovens, famílias, atletas da cidade, novos apoiadores e munícipes abraçaram a idéia, destacando o apoio da família Terenzio, que através dos Senhores Izidoro Terenzio, Marcílio Terenzio, Cleusa Rui Terenzio e Fernanda Terenzio, cederam gratuitamente o antigo e histórico “CAMPO DA BARRA”, como sede esportiva para jogos e treinos, ressaltando a participação voluntária do Professor de Educação Física Marcelo Barros e Fisiologista Daniel, Aguinaldo Luiz da Silva – MINEIRO Aguinaldo Luiz da Silva Jr - GUINA, Sônia M.O da Silva e de Rodrigo Roda que gentilmente cedeu o espaço do estabelecimento comercial, situado à rua Joaquim Pinto de Andrade, nº 82, bairro Nova Jaguariúna, na cidade de Jaguariúna/SP, como sede oficial da Associação.

Disputando apenas campeonatos de Futebol Feminino e se preparando para organizar as categorias de base, foi criado em novembro de 2009, no município de Pedreira o Instituto Tok de Bola, entidade social capacitada a incrementar e auxiliar o clube nas atividades de categoria de base de futebol.

Em 2010, o clube inicia os preparativos para tornar-se clube de Futebol Profissional, a entidade atraiu investidores para desenvolvimento do projeto, ocasião em que sofreu várias retaliações da administração Municipal da época, Secretaria de Esportes e Câmara Municipal, ficando impedida de utilizar o estádio municipal para jogos oficiais e campos para treinos, sendo estes cedidos pela prefeitura a outros clubes de outras cidades e nós da cidade ficando de fora, motivo pelo qual a entidade teve que cancelar contratos com investidores, parceiros e desempenhar suas atividades sociais e amadoras, dentre elas o futebol feminino na cidade de Pedreira, recebendo todo apoio dos munícipes e da Prefeitura de Pedreira, principalmente do Secretário de Esportes à época Valdir Carlos Volpato (PATÃO), que gentilmente acolheu as atividades da entidade, fazendo lembrar sempre a frase do nosso querido SUDACO “O clube é de Jaguariúna, mas com o coração de Pedreira”, adiando o projeto de Clube de Futebol Profissional.

Impossibilitada de continuar com o projeto que leva o nome da cidade de Jaguariúna e pelo fato da sede ser no município, não tinha possibilidade de desenvolver em outro município, motivo pelo qual em 2011, a diretoria do clube resolveu paralisar suas atividades, até as questões políticas serem resolvidas.

Em 2012, William Zidane, foi eleito vereador no município de Jaguariúna, ano em que se licenciou da presidência da associação, com o compromisso de ajudar a viabilizar o projeto de clube de futebol profissional e categorias de base no município.

Em agosto de 2015, diante de varias dificuldades e tentativas sem êxito, quando muitos já davam como inviável e impossível criar um clube de futebol profissional na cidade, insistindo no projeto William Zidane, com o apoio do deputado Dr. Fernando Capez, conseguiu registrar o Clube junto a Federação Paulista de Futebol, viabilizar o projeto, criando o primeiro clube de futebol profissional da cidade.

Atualmente a sua sede (TOCA DA ONÇA) está localizada na Avenida Antônio Pinto Catão, nº 103, bairro João Aldo Nassif, em Jaguariúna/SP.

O Jaguariúna FC leva o nome da cidade para todo o Brasil, sendo o único time de futebol da cidade, ele nasce sendo o sonho de toda população de Jaguariúna. Em 2016 o clube disputará competições organizadas pela Federação Paulista de Futebol categorias sub 15 e 17 e, em janeiro de 2017 participará da maior competição do Brasil da categoria sub 20 – COPA SÃO PAULO DE FUTEBOL JUNIOR.

Subordinado a FIFA hoje o clube está apto a participar das seguintes competições: Paulista sub 20 – 2º divisão, Paulista sub 20 – 1º divisão, Paulista sub 17, Paulista sub 15, Paulista sub 13, Paulista sub 11, Copa São Paulo Júnior, Copa Paulista, Paulista segunda divisão, Paulista – série A3, Paulista – série A2 e Paulista – série A1, além de se tornar o mais novo clube formador de jogadores do interior.

Assim surgiu o Jaguariúna Futebol Clube, para escrever uma história de títulos e glórias, criar oportunidades, descobrir novos talentos. Esse vasto histórico de momentos fez do clube, em Jaguariúna, uma instituição que é, em todos os sentidos, um monumento esportivo do Estado e um patrimônio do esporte brasileiro, seja pelos seus feitos, seja pela longevidade e determinação, uma contribuição de Jaguariúna para o futebol Mundial.